Et Rachel trouve finalement un remplaçant à Cooper dans son cœur : Nathan.
Nathan réussit à sauver Cooper et Rachel. Cette dernière tente alors de se rapprocher de lui mais Nathan lui annonce qu'elle n'a aucune chance.
Nathan est sauvé de l'accident par Lucas. Quand Haley et lui rentre à l'appartement, il lui demande ce qu'elle voulait lui dire de très important. Haley lui dit qu'elle a été acceptée à Stanford.
Brooke achète la boutique en face du Karen's Cafe. Julian a réussi à vendre sa série adaptée du livre de Lucas et achète la maison d'enfance de Brooke pour qu'ils s'y installent avec les enfants. De leur côté, Clay et Quinn décident d'adopter Logan, dont les anciens beaux-parents de Clay avaient jusqu'alors la garde.
Dans les dernières saisons, à cause de blessures qui se réveillent, Nathan décide d'arrêter sa carrière, pour devenir agent sportif, en compagnie de Clay.
Elle proposa à Nathan et sa femme Haley James ainsi qu'à l'agent de Nathan, Clayton Evans de dire au monde entier qu'elle avait menti en échange d'une grosse somme d'argent, mais les Scott ainsi que Clay refusèrent. Nathan assurant à tout le monde que jamais il ne tromperait Haley.
Dan cherche à savoir qui a tenté à sa vie lors de l'incendie. Persuadé que c'est Keith son frère, lors de la prise d'otage dans le lycée, Dan tuera son frère.
Dans l'épisode 22, Brooke, a 7 mois de grossesse, tombe d'un tabouret et est emmenée en urgence à l'hôpital où elle donne naissance à des jumeaux Davis et Jude, qui sont placés en couveuse.
Un nouveau départ
Quant à Lucas et Peyton, après la naissance difficile de leur fille Sawyer, le couple décide de s'en aller. Ils partent faire un tour sur « La Comète » avec leur fille et prennent la route, quittant Tree Hill.
Saison 3. Dans le début de la saison 3, Haley est de retour à Tree Hill mais Nathan souhaite annuler leur mariage.
Après avoir eu un petit garçon, Jamie, Haley et Nathan connaissent de nouvelles difficultés dans la cinquième saison. A la suite d'une bagarre qui a mal tourné, Nathan se retrouve en fauteuil roulant et devient invivable.
Quentin est assassiné par l'agresseur de Brooke !
À la fin de la saison, lors du re-mariage de Haley et Nathan (en fait simple cérémonie, car lors de leur mariage, seuls les parents d'Haley étaient présents et ils veulent à présent faire une nouvelle cérémonie devant tous leurs amis), Dan apprend que la personne qui a tenté de le tuer n'est pas Keith mais Deborah, son ...
Haley découvre qu'elle est enceinte de son premier enfant et l'annonce à Nathan Scott dans l'épisode 5 de la saison 4, soit seulement un épisode avant que Nick dise à Brooke qu'il ne lui reste plus que trois mois d'école.
Or, Haley découvre qu'elle est enceinte dans l'épisode 5 de cette même saison.
Au cours des 9 saisons de la série Les Frères Scott, Nathan et Haley se sont mariés à deux reprises, une première fois à la fin de la saison 1 en secret et une seconde fois dans la saison 3, entourés de leurs proches.
Dès le 1er épisode Brooke quitte Lucas en lui disant qu'elle a l'impression qu'elle ne lui manque pas, et que de ce fait il a cessé de lui manquer. Ils ne passent pas beaucoup de temps ensemble, elle lui en veut toujours et pense qu'il est avec Peyton.
Pour la neuvième saison, Lucas sera bien de retour mais Peyton devrait ne pas revenir dans la série. Qu'importe, mieux vaut le retour d'un acteur que l'absence des deux et les fans se réjouissent déjà en attendant de voir les nouveaux épisodes en janvier prochain.
Mark Schwahn, showrunner de la série, a officiellement démenti les rumeurs concernant le retour des deux acteurs. Déçu, il s'est exprimé sur le sujet : « cela n'arrivera pas.
Xavier Daniels est un criminel de Tree Hill qui a assassiné Quentin Fields, pris en otage Samantha Walker et son propre frère Jack Daniels, et agressé à deux reprises Brooke Davis.
Épisode 5 : Faux frères
Nathan reçoit deux nouvelles importantes, il apprend qu'Haley, sa femme, est enceinte, et qu'il est accepté à l'Université de Duke.
Davis Nathan Baker est le fils de Julian Baker et Brooke Davis et le jumeau de Jude Baker. Sa mère, Brooke, tombe enceinte de lui et de son frère jumeau alors qu'elle croyait être stérile, de ce fait, Julian les surnomme "mes miracles".
Une nouvelle vie de famille pour Clay et Quinn
À l'issue du dernier épisode de la neuvième saison, Quinn et Clay décident de sauter le pas en se mariant. Par la suite, ils signent les papiers d'adoption de Logan, dont les anciens beaux-parents de ce dernier avaient jusqu'alors la garde.
Dan se rachète un peu avant sa mort en sauvant la vie de son fils, Nathan Scott, enlevé par un gang. Il sacrifie sa vie pour lui et Nathan, bien que ne lui pardonnant pas l'assassinat de son oncle lui avoue qu'il l'aime et qu'il le remercie.
Craig Sheffer n'est pas le seul acteur des Frères Scott à faire des reproches à Mark Schwahn. Accusé de harcèlement sexuel, ce dernier aurait fait du tournage de la série un enfer pour les acteurs. Sophia Bush avait ainsi avoué avoir été harcelée pour tourner en sous-vêtements.