Il est finalement vaincu par le « Susanô » d'Itachi, qui s'est libéré de son contrat grâce aux « Déités célestes » de Shisui qu'il avait transmis à Naruto de son vivant ; son épée Totsuka scelle l'âme de Nagato et le libère.
Naruto. L'évocation de ce livre après son combat contre Naruto chamboula Nagato et retourna complètement la situation. Désormais convaincu qu'il doit croire en la réponse de Naruto, il se sacrifia pour rendre la vie à tous les habitants de Konoha qu'il a tué.
Il est vaincu par l'« Orbe tourbillonnant » de Konohamaru avant d'affronter Naruto qui le détruit avec sa « Furie de l'orbe ».
La quatrième grande guerre des Ninja
Nagato est ramené comme mort-vivant par Kabuto Yakushi, aux côtés de nombreux ninjas très puissants, pour servir Akatsuki dans la guerre contre l'Alliance des Ninja. Il est jumelé avec Itachi Uchiha, qui l'aide à marcher, puisqu'il ne peut pas marcher tout seul.
Naruto dit lui même que ce nagato est une version beaucoup plus forte que les 6 pains.
Ce groupe était composé à son apparition dans le manga de neuf ninjas déserteurs, provenant de différents pays disséminés dans le monde ninja. Il a été fondé par Yahiko selon ses dires, cependant, d'après Itachi, le véritable fondateur d'Akatsuki est Obito Uchiwa (qu'Itachi suppose alors être Madara Uchiwa).
Jutsu parent
Les Pain Rikudô (ペイン六道, Pein Rikudô) sont six pouvoirs distincts que Nagato utilisait aux travers de corps qu'il contrôlait à distance à l'aide de récepteurs de chakra. Ces six corps étaient donc des extensions de Nagato et possédaient chacun l'un des pouvoirs du Rinnegan.
Pendant un court moment, lors de la quatrième grande guerre ninja, il absorbe le démon à 10 queues et devient, le personnage le plus fort du manga. Téméraire, endurant et courageux, Obito est le membre le plus puissant de l'Akatsuki.
Alors que le duo se prépare à se battre, Kawaki menace Boruto en disant : "Je t'enverrai là où j'ai envoyé le 7ème Hokage." À l'époque, la fanbase a traduit cette phrase comme étant une menace de mort, et la preuve irréfutable que Kawaki avait assassiné Naruto.
Cependant, pourquoi avoir choisi Nagato pour porter son rinnegan ? Tout simplement parce que Nagato a une force hors du commun, c'est un Uzumaki qui a un chakra assez puissant pour maitriser le rinnegan et créer des Pain et devenir le chef d'akatsuki.
Les villageois survivants sont témoins du changement du cœur de Nagato et, par extension, la victoire de Naruto sur Pain. Kakashi est ressuscité après qu'il ait terminé sa conversation avec son père, permettant à Sakumo de partir en sachant que son fils était fier de lui. Nagato meurt dû à l'utilisation de son jutsu.
Après avoir aspiré les neuf démons à queues, Madara transperce Sasuke avec sa propre épée et le laisse pour mort.
Il transperça Konan avec un pieu avant de l'étrangler et utilisa une illusion pour la forcer à révéler l'emplacement du Rinnegan. Elle meurt suite à l'illusion de Tobi qui prit alors possession du Rinnegan de Nagato.
Izumi Uchiwa (うちはイズミ, Uchiha Izumi) était une kunoichi de Konoha et un membre du clan Uchiwa. Elle était une amie d'Itachi Uchiwa depuis l'enfance ; elle était d'ailleurs amoureuse de lui.
La maladie d'Itachi n'a été révélée qu'à la fin du conte. Il a été suggéré au cours de sa bataille contre Sasuke que ses maux étaient dus à une utilisation excessive du Mangekyo Sharean. Cependant, la confirmation ultérieure de sa maladie comme cause de son destin imminent suggère qu'elle n'est pas liée au Jutsu.
Itachi ne peut cependant pas abuser de son Mangekyō Sharingan sans courir le risque de devenir aveugle, comme le lui fait remarquer Kakashi Hatake, car elle provoque une cécité progressive chez son utilisateur.
Le Rinnegan est révélé comme une évolution du Sharingan. Pour pouvoir s'éveiller à cette pupille, il est nécessaire de posséder à la fois les cellules des Uchiwa et celle des Senju.
Avec la complicité de Danzô Shimura, il captura Konan et obligea Nagato à choisir entre tuer Yahiko et voir Konan mourir. Sans hésitation, Yahiko se sacrifia en s'empalant sur le kunaï que tenait Nagato. Son dernier vœu fut que Nagato poursuive leur mission d'apporter la paix dans le monde.
Signification de la Bague Itachi :
Itachi a rejoint l'Akatsuki et a reçu sa bague de la main de Tobi après qu'il l'ait aidé à tuer tous les membres de son clan.
Jiraya – Naruto Shippuden
Ninja légendaire et maitre du protagoniste, Naruto, Jiraya meurt tué par Pain. Les derniers moments du personnage sont déchirants. Alors qu'il pense à tout ce qu'il a raté dans sa vie, il se souvient qu'il peut transmettre son héritage à son jeune apprenti, ce qui lui permet de partir en paix.
Après avoir épuisé Killer Bee, Kisame fait croire qu'il est trahi par Samehada, tombée amoureuse du chakra de Hachibi, puis selon les apparences, est décapité par une attaque combinée de Killer Bee et du Raikage venu en renfort.