Il est vaincu par l'« Orbe tourbillonnant » de Konohamaru avant d'affronter Naruto qui le détruit avec sa « Furie de l'orbe ».
C'est la fin du combat entre Pain et Jiraya. Mortellement blessé, le ninja philosophe sur le sens de sa vie et prend la mesure de ce qu'il a accompli...
Il est finalement vaincu par le « Susanô » d'Itachi, qui s'est libéré de son contrat grâce aux « Déités célestes » de Shisui qu'il avait transmis à Naruto de son vivant ; son épée Totsuka scelle l'âme de Nagato et le libère.
Naruto. L'évocation de ce livre après son combat contre Naruto chamboula Nagato et retourna complètement la situation. Désormais convaincu qu'il doit croire en la réponse de Naruto, il se sacrifia pour rendre la vie à tous les habitants de Konoha qu'il a tué.
La quatrième grande guerre des Ninja
Nagato est ramené comme mort-vivant par Kabuto Yakushi, aux côtés de nombreux ninjas très puissants, pour servir Akatsuki dans la guerre contre l'Alliance des Ninja. Il est jumelé avec Itachi Uchiha, qui l'aide à marcher, puisqu'il ne peut pas marcher tout seul.
Lors de l'attaque de Pain sur le village de Konoha, Kakashi affronte Tendô, le corps principal de Pain, face auquel il finit par mourir ayant épuisé tout son chakra.
Le véritable chef de l'organisation n'est autre qu'Obito Uchiwa, manipulant Pain en utilisant sa haine du monde ninja.
Jiraya – Naruto Shippuden
Ninja légendaire et maitre du protagoniste, Naruto, Jiraya meurt tué par Pain. Les derniers moments du personnage sont déchirants. Alors qu'il pense à tout ce qu'il a raté dans sa vie, il se souvient qu'il peut transmettre son héritage à son jeune apprenti, ce qui lui permet de partir en paix.
Pendant un court moment, lors de la quatrième grande guerre ninja, il absorbe le démon à 10 queues et devient, le personnage le plus fort du manga. Téméraire, endurant et courageux, Obito est le membre le plus puissant de l'Akatsuki.
Après avoir aspiré les neuf démons à queues, Madara transperce Sasuke avec sa propre épée et le laisse pour mort.
Jutsu parent
Les Pain Rikudô (ペイン六道, Pein Rikudô) sont six pouvoirs distincts que Nagato utilisait aux travers de corps qu'il contrôlait à distance à l'aide de récepteurs de chakra. Ces six corps étaient donc des extensions de Nagato et possédaient chacun l'un des pouvoirs du Rinnegan.
Naruto Shippuden Saison 6
Naruto apprend la mort de son maître Jiraya...
Il attaque Konoha en invoquant Kyûbi après l'avoir extrait du corps de Kushina juste après la naissance de Naruto. Il affronte Minato qui lui ôte le contrôle du démon avant de se sacrifier pour le sceller en lui et dans le nouveau-né.
Rinnegan est prétendu être le le plus fort des « Trois Grands Dojutsu », également connu sous le nom « L'œil de Dieu ». Il aide l'utilisateur maîtriser rapidement n'importe quel jutsu et les cinq transformations.
Hagoromo Otsutsuki
C'est donc le premier Jinchuriki. Créateur de toutes les techniques ninjas, il est capable d'utiliser autant le Mangekyô Sharingan que la technique de Pain des Six chemins. Également, quand les ninjas sont généralement limités à deux types de chakra au maximum, il pouvait maîtriser les cinq natures.
Il meurt le sourire aux lèvres, ayant réussi à tromper jusqu'à sa mort son frère cadet sur sa véritable nature, et lui léguant l'avenir du clan.
Shin tué par ses propres enfants. Après l'opération, Shin combattit Sakura. Dans son combat contre elle, Sasuke apparut avec le Susanô et lui coupa un de ses bras. Il était sur le point de s'échapper avec son jutsu spatio-temporel pour obtenir un nouvel organe d'un clone mais il fut poignardé par ses clones.